中醫大附醫近年持續藉由新進人員教育訓練，已將廢棄物分類的意識深植於院內同仁的心中，使各單位垃圾分類觀念及行為落實於日常工作環境，以共同維持院內廢棄物分類原則。中醫大附醫廢棄物主要分為一般事業廢棄物、資源回收再利用及生物醫療廢棄物，皆由專業廢棄物處理廠商運至處理機構焚化（不含能源回收），資源回收亦由專業廠商清運再生利用，所有廢棄物皆未使用掩埋方式處理。
為減少廢棄物，持續落實分類，加強回收率，新進人員教育訓練中強化廢棄物管理意識，各單位設置標示清晰的分類容器，清潔人員清運時則進行「二次分類」，將誤丟的混合廢棄物適當分離，2023、2024 年資源回收率註分別為43.15％、42.43％。針對感染性廢棄物減量，規劃於2025 年起將非感染性之血液透析廢棄物如「人工腎臟」及「拋棄導管濾器」經高溫滅菌處理後，由廠商進行回收重製為塑膠顆粒，實現廢棄物資源化，降低環境負擔。
依「事業委託清理之相當注意義務認定準則」規範，事業單位每年需查核一次受託者在廢棄物貯存、清除與處理操作的合規情形。中醫大附醫為確保感染性廢棄物管理的安全性與合規性，每年主動執行兩次廢棄物路線及現場作業查核，全面檢視受託者在運輸、貯存及處理各環節是否符合法規要求。
註：資源回收率＝資源回收重量／一般事業廢棄物重量
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