本院研究發展體系的經營與管理將遵循下列原則：

1. 促進基礎醫學與臨床醫學研究之整合及合作。

2. 突破目前制度、人事與財務之僵化，實現以〈人〉為中心的管理體制，以整合研究成果整體觀點來開展新的經營與管理。

3. 活用研究員、博士後研究員及技術員制度 — 挹注研究人力，給予良好研究環境，評估績效，獎勵競爭，以強化研究活力。

4. 鼓勵研究人員/醫師科學家至著名海外研究單位進行研究。建立醫師在國外取得博士之管道，確保返國後就業與繼續從事研究的途徑。

5. 順應世界潮流，實施雙軌制度，依研究成績分配研究時間，符合人盡其才的精神。

6. 研究單位或研究群的績效要具體評估，以作為資源與人力分配之依據。

7. 強化研究儀器之整合與管理，廣設核心或共同實驗室，加強研究技術之支持與服務，提升研究效益，確保研究品質。

8. 協助研究人員取得專利手續，建立完善專利維護與技術轉移之管理制度。「專利」取得亦應視為研究成果。

9. 透過產學合作或社會對提高人類健康及生活品質之訴求，成立研究發展基金，以充實研究經費。