中醫藥研究中心的研究結合Big data-Bench-Bedside研究，包括「中醫藥實證研究」與「免疫調控研究」兩方面。透過結合臨床與基礎研究，提升中醫藥研究的國際能見度，並補強現代醫藥的不足，增進人民健康福祉。

調控免疫力是中醫藥的一個特色。由於目前免疫性疾病已經成為影響人類健康重要議題，這些疾病包括過敏性疾病、自體免疫性疾病、感染或發炎性疾病、甚至癌症等問題，都與免疫系統息息相關。中醫藥對於免疫系統的調節早已記載於文獻典籍當中，如補益類方劑或藥物中的補中益氣湯、玉屏風散、黃耆、靈芝、山藥、白朮在藥理研究中都證實具有調節免疫系統的功效。因此中醫藥在免疫學上的研究是極具開發潛力的領域。

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臨床病患與健檢顧客經常有免疫調節中藥或健康食品需求，市面上沒有針對癌症、自體免疫、過敏免疫疾病病患的中藥免疫檢測服務。顏宏融醫師科學家實驗室所研發的「Immunogen Test Panel」，可以提供免疫檢測服務，發揮中國醫藥大學院校特色，結合中醫藥資料庫與免疫學研究方法，運用快速篩檢方法，進行中藥免疫檢測，開發對免疫力調控之中醫藥新穎免疫調控檢測，創新結合中醫藥免疫檢測於臨床疾病或健檢診斷，將可提升並創新中醫臨床診斷服務項目。此檢測可結合中醫師望聞問切，作為四診合參之參考依據，並可瞭解自身免疫能力。

本研究中心的研發成果，除了應用在臨床的中藥免疫檢測，也分階段落實以基礎支持臨床轉譯研究，和中醫部與西醫相關部門臨床醫師合作。在第一個階段，從臨床病例的流行病學研究、症狀表現、中醫辨證、處方用藥歸納分析，例如台灣兒童氣喘中醫治療(Allergy 2013)、針灸使用趨勢(PLoS One 2018)、針灸緩解纖維肌痛症合併症(Arthritis Research & Therapy 2017)、中藥合併治療白血病(Cancer Medicine 2016)等。第二個階段和臨床中西醫師合作收集臨床檢體，分析病人體內的發炎或免疫反應，與臨床診斷或體質分析結合，例如慢性腎病中醫體質研究(Complementary Therapies in Medicine 2017)。在第三個階段推動以基礎研究支持的中醫藥轉譯臨床試驗，藉由細胞與分子免疫學的基礎研究支持中醫藥臨床研究。例如針灸治療纖維肌痛症(NCT02583334)、中藥複方聖愈湯臨床試驗(Integrative Cancer Therapies 2018)等臨床試驗。更重要的是促進本院中西醫臨床研究合作，獲得衛生福利部經費主持慢性腎臟病、兒童異位性皮膚炎、過敏性鼻炎、針灸緩和乳癌化療合併症等中西醫合作臨床研究案。